Для смягчения кризисных явлений, обусловленных превращением области в эксклав, в 1997 г. была принята Федеральная целевая программа развития ОЭЗ в Калининградской области на 1998—2005 гг. Однако она реализовывалась далеко не в полной мере и не компенсировала экономические потери региона. За 1998—2001 гг. было получено лишь 3 % запланированных средств. Поэтому 7 декабря 2001 г. Постановлением Правительства РФ № 866 утверждена Федеральная целевая программа «Развитие Калининградской области на период до 2010 года». В последующем ее действие было продлено до 2015 г., а затем и до 2020 г.

За 2002—2014 гг. только из федерального бюджета на реализацию программы было направлено более 43 млрд рублей. Привлечены также значительные средства из областного бюджета и, особенно, из внебюджетных источников. К числу отраслевых приоритетов Программы относятся, во-первых, инфраструктурные отрасли, обеспечивающие условия развития всей региональной экономики и способствующие для реализации инвестиционных проектов. Это развитие транспорта, энергетики, связи и телекоммуникаций. Создаются благоприятные условия для совершенствования туристско-рекреационного комплекса, решения актуальных экологических проблем. Большое внимание уделяется развитию социальной сферы — здравоохранения, образования, культуры и искусства. Имеются и отдельные проекты модернизации производства товаров в соответствии с требованиями мирового рынка.

В марте 2013 г. принята государственная программа «Социально-экономическое развитие Калининградской области до 2020 года» [2], основные ожидаемые результаты которой сформулированы следующим образом:

• динамичное социально-экономическое развитие Калининградской области, базирующееся на опережающем развитии конкурентоспособных секторов экономики региона;
• проведение модернизации инженерной, транспортной, социальной инфраструктуры области;
• образование мультимодальной транспортно-логистической зоны;
• формирование научно-образовательной системы Калининградской области на базе Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта;
• улучшение инвестиционного климата;
• создание новых центров экономического развития и промышленных зон, в том числе эффективных агропромышленных производств;
• увеличение налоговых и неналоговых доходов консолидированного бюджета Калининградской области;
• развитие рекреационного потенциала региона.

Цель государственной программы развития региона: «Создание условий для устойчивого социально-экономического развития Калининградской области, обеспечивающего достижение уровня жизни, сопоставимого с уровнем жизни сопредельных стран, а также формирование благоприятного инвестиционного климата в регионе для сближения Российской Федерации и государств — членов Европейского союза» [7]. Речь идет о значительных федеральных финансовых средствах, направляемых на развитие производственной и социальной инфраструктуры региона, а также на улучшение экологической обстановки.

Программно-целевым инструментом госпрограммы стала новая Федеральная целевая программа (ФЦП) развития Калининградской области на период до 2020 г., утвержденная 7 июня 2014 г. [9]. На 2015—2020 гг. в рамках ФЦП из федерального бюджета предусмотрено выделение более 49 млрд рублей.